瑞格与莫陶发现一个走私南非金币的非法集团，经过深入调查后，找出幕后走私者竟是南非的外交官艾金（乔斯艾克兰），他因为享有外交豁免权，所以为非作歹、逍遥法外。此时，两人受命保护证人李欧盖兹（乔派西），盖兹曾替艾金洗钱，如今则…

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙…